ההתמחות בחשבונאות בבית הספר למינהל עסקים היא הגדולה ביותר ומהמובילות בישראל. בוגריה מבוקשים על ידי משרדי רואי החשבון הגדולים בשוק ומאיישים תפקידי מפתח במשק הישראלי בתחום הכספים והחשבות.
מטרת ההתמחות היא להכשיר בעלי מקצוע בתחום החשבונאות, הביקורת, החשבות והמסים. הלימודים בתחומים אלה מקבילים בתכנים לדרישות מועצת רואי החשבון. סיום בהצלחה מקנה פטור ממרבית הבחינות של המועצה. בנוסף נכללים בהתמחות זו נושאים בניהול כללי המשרתים את הבוגרים בתפקידיהם בארגונים כלכליים, תוך דגש מיוחד להיבטים מעשיים ויישומיים של החומר הנלמד.
ייחודיות התוכנית מתבטאת בקשר האמיץ וארוך הטווח של בית הספר עם משרדי רואי החשבון המובילים בישראל המסייעים, לשמור תכנית לימודים מעודכנת, בכל השינויים והחידושים בתחום. התוכנית כוללת קורסים בנושאים המבוקשים ביותר על ידי המעסיקים, כגון: התמודדות עם דרישות התקינה החשבונאית החדשה, עבודה בסביבה אמריקאית ועוד.
המרצים במחלקה הם מבכירי החשבונאים בישראל ומחזיקים בעמדות מפתח במשרדים מובילים במגזר הפרטי ובשירות הציבורי. רבים מהם בוגרי ההתמחות.
המחלקה לחשבונאות מציעה מסלולים ייחודיים למצטיינים:
תכנית הלימודים לתואר ראשון במנהל עסקים מתקיימת גם במתכונת לימודי ערב
מלגות הצטיינות: הודות לקשרים האמיצים של בית הספר למינהל עסקים עם העוסקים בראיית חשבון בישראל.סטודנטים מתאימים יכולים ליהנות ממלגות הצטיינות המוענקות על ידי משרדי רואי החשבון המובילים בישראל. מרצים ובוגרים של בית הספר תורמים אף הם מלגות הצטיינות במחווה נדיר בארץ.